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A landscape of gene regulation in the parasitic amoebozoa Entamoeba spp
PloS one, 2022-08, Vol.17 (8), p.e0271640-e0271640
2022
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The protein architecture in Bacteria and Archaea identifies a set of promiscuous and ancient domains
PloS one, 2019-12, Vol.14 (12), p.e0226604-e0226604
2019
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Identification of modules and key genes associated with breast cancer subtypes through network analysis
Scientific reports, 2024-05, Vol.14 (1), p.12350-18, Article 12350
2024
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RNA polymerases in strict endosymbiont bacteria with extreme genome reduction show distinct erosions that might result in limited and differential promoter recognition
PloS one, 2021-07, Vol.16 (7), p.e0239350
2021
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Identification of Modules With Similar Gene Regulation and Metabolic Functions Based on Co-expression Data
Frontiers in molecular biosciences, 2019-12, Vol.6, p.139-139
2019
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Transcription Factors Exhibit Differential Conservation in Bacteria with Reduced Genomes
PloS one, 2016-01, Vol.11 (1), p.e0146901-e0146901
2016
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Construction and analysis of gene co-expression network in the pathogenic fungus Ustilago maydis
Frontiers in microbiology, 2022-12, Vol.13, p.1048694-1048694
2022
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Identifying Genes Devoted to the Cell Death Process in the Gene Regulatory Network of Ustilago maydis
Frontiers in microbiology, 2021-05, Vol.12, p.680290
2021
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Gene Regulatory Networks of Penicillium echinulatum 2HH and Penicillium oxalicum 114-2 Inferred by a Computational Biology Approach
Frontiers in microbiology, 2020-10, Vol.11, p.588263-588263
2020
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Screening a Spliced Leader-Based Symbiodinium microadriaticum cDNA Library Using the Yeast-Two Hybrid System Reveals a Hemerythrin-Like Protein as a Putative SmicRACK1 Ligand
Microorganisms (Basel), 2021-04, Vol.9 (4), p.791
2021
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Multicellular growth of the Basidiomycota phytopathogen fungus Sporisorium reilianum induced by acid conditions
Folia microbiologica, 2020-06, Vol.65 (3), p.511-521
2020
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Structure of co-expression networks of Bifidobacterium species in response to human milk oligosaccharides
Frontiers in molecular biosciences, 2023-01, Vol.10, p.1040721-1040721
2023
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RegulomePA: a database of transcriptional regulatory interactions in Pseudomonas aeruginosa PAO1
Database : the journal of biological databases and curation, 2020-12, Vol.2020
2020
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Rhizobium etli CFN42 and Sinorhizobium meliloti 1021 bioinformatic transcriptional regulatory networks from culture and symbiosis
Frontiers in bioinformatics, 2024-08, Vol.4, p.1419274
2024
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Structural comparison of biological networks based on dominant vertices
Molecular bioSystems, 2013-01, Vol.9 (7), p.1765-1773
2013
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The Regulatory Network of Pseudomonas aeruginosa
Microbial informatics and experimentation, 2011-06, Vol.1 (1), p.3-3, Article 3
2011
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A landscape for drug-target interactions based on network analysis
PloS one, 2021-03, Vol.16 (3), p.e0247018
2021
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A landscape of gene regulation in the parasitic amoebozoa Entamoeba spp
PloS one, 2022-01, Vol.17 (8)
2022
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Gene Regulatory Network Inference and Gene Module Regulating Virulence in Fusarium oxysporum
Frontiers in microbiology, 2022-06, Vol.13, p.861528-861528
2022
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Consensus architecture of promoters and transcription units in Escherichia coli: design principles for synthetic biology
Molecular bioSystems, 2017-03, Vol.13 (4), p.665-676
2017
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Consensus architecture of promoters and transcription units in Escherichia coli: design principles for synthetic biologyElectronic supplementary information (ESI) available: Table S1. Genetic elements in the natural TUs of Escherichia coli K-12 MG1655. Table S2. Genetic elements in strain K-12 W3110 and BL21 (DE3) of E. coli, Salmonella typhimurium SL1344, and Pseudomonas aeruginosa PA14 and PAO1 strains. Table S3. Gene Sequences of K-12 W3110 and BL21 (DE3) E. coli, Salmonella typhimurium SL134
2017-03
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Transcription Factors Exhibit Differential Conservation in Bacteria with Reduced Genomes: e0146901
PloS one, 2016-01, Vol.11 (1)
2016
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