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ProtGPT2 is a deep unsupervised language model for protein design
Nature communications, 2022-07, Vol.13 (1), p.4348-10, Article 4348
2022
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Dreaming ideal protein structures
Nature biotechnology, 2022-02, Vol.40 (2), p.171-172
2022
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From sequence to function through structure: Deep learning for protein design
Computational and structural biotechnology journal, 2023-01, Vol.21, p.238-250
2023
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Emergence of Multiple EGFR Extracellular Mutations during Cetuximab Treatment in Colorectal Cancer
Clinical cancer research, 2015-05, Vol.21 (9), p.2157-2166
2015
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Computational methods for protein design
Protein engineering, design and selection, 2024-01, Vol.37
2024
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Fuzzle 2.0: Ligand Binding in Natural Protein Building Blocks
Frontiers in molecular biosciences, 2021-08, Vol.8, p.715972-715972
2021
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Multibody cofactor and substrate molecular recognition in the myo-inositol monophosphatase enzyme
Scientific reports, 2016-07, Vol.6 (1), p.30275-30275, Article 30275
2016
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Dopamine D3 receptor antagonist reveals a cryptic pocket in aminergic GPCRs
Scientific reports, 2018-01, Vol.8 (1), p.897-10, Article 897
2018
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Author Correction: Dopamine D3 receptor antagonist reveals a cryptic pocket in aminergic GPCRs
Scientific reports, 2019-04, Vol.9 (1), p.6076-6076, Article 6076
2019
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ProteinTools: a toolkit to analyze protein structures
Nucleic acids research, 2021-07, Vol.49 (W1), p.W559-W566
2021
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Controllable protein design with language models
Nature machine intelligence, 2022-06, Vol.4 (6), p.521-532
2022
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Exploring the Protein Sequence Space with Global Generative Models
Cold Spring Harbor perspectives in biology, 2023-11, Vol.15 (11), p.a041471
2023
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Strategies for designing non-natural enzymes and binders
Current opinion in chemical biology, 2018-12, Vol.47, p.67-76
2018
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What does it take for an 'AlphaFold Moment' in functional protein engineering and design?
Nature biotechnology, 2024-02, Vol.42 (2), p.173-174
2024
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Protlego: a Python package for the analysis and design of chimeric proteins
Bioinformatics (Oxford, England), 2021-10, Vol.37 (19), p.3182-3189
2021
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Back and forth with nanopore peptide sequencing
Nature biotechnology, 2022-02, Vol.40 (2), p.172-173
2022
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A comprehensive binding study illustrates ligand recognition in the periplasmic binding protein PotF
Structure (London), 2021-05, Vol.29 (5), p.433-443.e4
2021
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Binding Kinetics in Drug Discovery
Molecular informatics, 2016-07, Vol.35 (6-7), p.216-226
2016
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Identification and Analysis of Natural Building Blocks for Evolution-Guided Fragment-Based Protein Design
Journal of molecular biology, 2020-06, Vol.432 (13), p.3898-3914
2020
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Statistical Analysis and Tokenization of Epitopes to Construct Artificial Neoepitope Libraries
ACS synthetic biology, 2023-10, Vol.12 (10), p.2812-2818
2023
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Computational Modeling of an Epidermal Growth Factor Receptor Single-Mutation Resistance to Cetuximab in Colorectal Cancer Treatment
Journal of chemical information and modeling, 2013-12, Vol.53 (12), p.3123-3126
2013
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Insights from Fragment Hit Binding Assays by Molecular Simulations
Journal of chemical information and modeling, 2015-10, Vol.55 (10), p.2200-2205
2015
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Anniversary AI reflections
Nature machine intelligence, 2024-01, Vol.6 (1), p.6-12
2024
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Correction to Insights from Fragment Hit Binding Assays by Molecular Simulations
Journal of chemical information and modeling, 2016-10, Vol.56 (10), p.2123-2123
2016
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Abstract 3588: Emergence of multiple EGFR extracellular mutations during cetuximab treatment in colorectal cancer
Cancer research (Chicago, Ill.), 2015-08, Vol.75 (15_Supplement), p.3588-3588
2015
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