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Unraveling motion in proteins by combining NMR relaxometry and molecular dynamics simulations: A case study on ubiquitin
The Journal of chemical physics, 2024-03, Vol.160 (10)
2024
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Leveraging the sampling efficiency of RE-EDS in OpenMM using a shifted reaction-field with an atom-based cutoff
The Journal of chemical physics, 2022-09, Vol.157 (10), p.104117-104117
2022
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Relative free-energy calculations for scaffold hopping-type transformations with an automated RE-EDS sampling procedure
Journal of computer-aided molecular design, 2022-02, Vol.36 (2), p.117-130
2022
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Replica-Exchange Enveloping Distribution Sampling: Calculation of Relative Free Energies in GROMOS
Chimia, 2022-04, Vol.76 (4), p.327
2022
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How does it really move? Recent progress in the investigation of protein nanosecond dynamics by NMR and simulation
Current opinion in structural biology, 2022-12, Vol.77, p.102459-102459, Article 102459
2022
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Multistate Method to Efficiently Account for Tautomerism and Protonation in Alchemical Free-Energy Calculations
Journal of chemical theory and computation, 2024-05, Vol.20 (10), p.4350-4362
2024
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Recent developments in multiscale free energy simulations
Current opinion in structural biology, 2022-02, Vol.72, p.55-62
2022
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Accounting for Solvation Correlation Effects on the Thermodynamics of Water Networks in Protein Cavities
Journal of chemical information and modeling, 2023-03, Vol.63 (6), p.1794-1805
2023
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  • BibTeX
Accelerating Alchemical Free Energy Prediction Using a Multistate Method: Application to Multiple Kinases
Journal of chemical information and modeling, 2023-11, Vol.63 (22), p.7133-7147
2023
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  • BibTeX
Torsional Energy Barriers of Biaryls Could Be Predicted by Electron Richness/Deficiency of Aromatic Rings; Advancement of Molecular Mechanics toward Atom-Type Independence
Journal of chemical information and modeling, 2019-11, Vol.59 (11), p.4764-4777
2019
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Use of Extended-Hückel Descriptors for Rapid and Accurate Predictions of Conjugated Torsional Energy Barriers
Journal of chemical information and modeling, 2020-07, Vol.60 (7), p.3534-3545
2020
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Atom Type Independent Modeling of the Conformational Energy of Benzylic, Allylic, and Other Bonds Adjacent to Conjugated Systems
Journal of chemical information and modeling, 2019-11, Vol.59 (11), p.4750-4763
2019
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Replica-Exchange Enveloping Distribution Sampling Using Generalized AMBER Force-Field Topologies: Application to Relative Hydration Free-Energy Calculations for Large Sets of Molecules
Journal of chemical information and modeling, 2022-06, Vol.62 (12), p.3043-3056
2022
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Development of Molecular Mechanics Methods to Cover Conjugated Drug-Like Molecules for Structure Based Drug Design
2020
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Use of Extended-Hückel Descriptors for Rapid and Accurate Predictions of Conjugated Torsional Energy Barriers
Journal of chemical information and modeling, 2020-07, Vol.60 (7), p.3534-3545
2020
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