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De novo gene birth
PLoS genetics, 2019-05, Vol.15 (5), p.e1008160
2019
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Synteny-based analyses indicate that sequence divergence is not the main source of orphan genes
eLife, 2020-02, Vol.9
2020
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Integrative approaches for finding modular structure in biological networks
Nature reviews. Genetics, 2013-10, Vol.14 (10), p.719-732
2013
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Biological factors and statistical limitations prevent detection of most noncanonical proteins by mass spectrometry
PLoS biology, 2023-12, Vol.21 (12), p.e3002409-e3002409
2023
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Of mice, men and immunity: a case for evolutionary systems biology
Nature immunology, 2018-05, Vol.19 (5), p.421-425
2018
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De novo emergence of adaptive membrane proteins from thymine-rich genomic sequences
Nature communications, 2020-02, Vol.11 (1), p.781-781, Article 781
2020
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The meanings of 'function' in biology and the problematic case of de novo gene emergence
eLife, 2019-11, Vol.8
2019
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Origins, evolution, and physiological implications of de novo genes in yeast
Yeast (Chichester, England), 2022-09, Vol.39 (9), p.471-481
2022
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Elastic network modeling of cellular networks unveils sensor and effector genes that control information flow
PLoS computational biology, 2022-05, Vol.18 (5), p.e1010181-e1010181
2022
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Genome-wide identification of Pseudomonas aeruginosa virulence-related genes using a Caenorhabditis elegans infection model
PLoS pathogens, 2012-07, Vol.8 (7), p.e1002813-e1002813
2012
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RNF219 regulates CCR4-NOT function in mRNA translation and deadenylation
Scientific reports, 2022-06, Vol.12 (1), p.9288-9288, Article 9288
2022
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Evolutionary Characterization of the Short Protein SPAAR
Genes, 2021-11, Vol.12 (12), p.1864
2021
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Mapping transcription factor interactome networks using HaloTag protein arrays
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2016-07, Vol.113 (29), p.E4238-E4247
2016
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Literature-curated protein interaction datasets
Nature methods, 2009-01, Vol.6 (1), p.39-46
2009
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Integrative detection of genome-wide translation using iRibo
STAR protocols, 2024-03, Vol.5 (1), p.102826-102826, Article 102826
2024
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Genome-scale analysis of in vivo spatiotemporal promoter activity in Caenorhabditis elegans
Nature biotechnology, 2007-06, Vol.25 (6), p.663-668
2007
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New genes from borrowed parts
Science (American Association for the Advancement of Science), 2021-02, Vol.371 (6531), p.779-780
2021
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Massively integrated coexpression analysis reveals transcriptional regulation, evolution and cellular implications of the yeast noncanonical translatome
Genome Biology, 2024-07, Vol.25 (1), p.1-28, Article 183
2024
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Author Correction: De novo emergence of adaptive membrane proteins from thymine-rich genomic sequences
Nature communications, 2021-01, Vol.12 (1), p.200-200, Article 200
2021
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Evidence for a common evolutionary rate in metazoan transcriptional networks
eLife, 2015-12, Vol.4
2015
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Ancestral Sequence Reconstruction as a Tool to Detect and Study De Novo Gene Emergence
Genome biology and evolution, 2024-08, Vol.16 (8)
2024
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Proto―genes and de novo gene birth
Nature (London), 2012-07, Vol.487 (7407), p.370-374
2012
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Siri of the Cell: What Biology Could Learn from the iPhone
Cell, 2014-04, Vol.157 (3), p.534-538
2014
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Standardized annotation of translated open reading frames
Nature biotechnology, 2022-07, Vol.40 (7), p.994-999
2022
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A vast evolutionarily transient translatome contributes to phenotype and fitness
Cell systems, 2023-05, Vol.14 (5), p.363-381.e8
2023
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