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To denoise or to cluster, that is not the question: optimizing pipelines for COI metabarcoding and metaphylogeography
BMC bioinformatics, 2021-04, Vol.22 (1), p.177-177, Article 177
2021
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From metabarcoding to metaphylogeography: separating the wheat from the chaff
Ecological applications, 2020-03, Vol.30 (2), p.1-19
2020
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Marine biomonitoring with eDNA: Can metabarcoding of water samples cut it as a tool for surveying benthic communities?
Molecular ecology, 2021-07, Vol.30 (13), p.3175-3188
2021
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Metabarcoding reveals high‐resolution biogeographical and metaphylogeographical patterns through marine barriers
Journal of biogeography, 2023-03, Vol.50 (3), p.515-527
2023
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From biomarkers to community composition: Negative effects of UV/chlorine-treated reclaimed urban wastewater on freshwater biota
The Science of the total environment, 2024-02, Vol.912, p.169561-169561, Article 169561
2024
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DnoisE: distance denoising by entropy. An open-source parallelizable alternative for denoising sequence datasets
PeerJ (San Francisco, CA), 2022-01, Vol.10, p.e12758-e12758, Article e12758
2022
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More Than Expected From Old Sponge Samples: A Natural Sampler DNA Metabarcoding Assessment of Marine Fish Diversity in Nha Trang Bay (Vietnam)
Frontiers in Marine Science, 2020-12, Vol.7
2020
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DNA Metabarcoding of Deep-Sea Sediment Communities Using COI: Community Assessment, Spatio-Temporal Patterns and Comparison with 18S rDNA
Diversity (Basel), 2020-04, Vol.12 (4), p.123
2020
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A new sampling device for metabarcoding surveillance of port communities and detection of non-indigenous species
iScience, 2024-01, Vol.27 (1), p.108588-108588, Article 108588
2024
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Metabarcoding the eukaryotic community of a threatened, iconic Mediterranean habitat: Posidonia oceanica seagrass meadows
Frontiers in Marine Science, 2023-04, Vol.10
2023
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Biogeographical scenarios modulate seagrass resistance to small‐scale perturbations
The Journal of ecology, 2019-05, Vol.107 (3), p.1263-1275
2019
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Investigating pelagic biodiversity and gelatinous zooplankton communities in the rapidly changing European Arctic: An eDNA metabarcoding survey
Environmental DNA (Hoboken, N.J.), 2024-05, Vol.6 (3), p.n/a
2024
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Metabarcoding the benthic boundary layer: the role of sampling method and marker characteristics in the DNA signatures obtained at the interface between benthos and plankton
Frontiers in Marine Science, 2019, Vol.6
2019
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