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Classical Electrostatics for Biomolecular Simulations
Chemical reviews, 2014-01, Vol.114 (1), p.779-814
2014
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Mechanistic Elucidation of Zirconium-Catalyzed Direct Amidation
Journal of the American Chemical Society, 2017-02, Vol.139 (6), p.2286-2295
2017
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Investigation of the Inhibition Mechanism of Xanthine Oxidoreductase by Oxipurinol: A Computational Study
Journal of chemical information and modeling, 2023-07, Vol.63 (13), p.4190-4206
2023
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Sex‐specific expression and DNA methylation in a species with extreme sexual dimorphism and paternal genome elimination
Molecular ecology, 2021-11, Vol.30 (22), p.5687-5703
2021
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Impact of an Ionic Liquid Solution on Horseradish Peroxidase Activity
Journal of the American Chemical Society, 2024-05, Vol.146 (19), p.13247-13257
2024
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Investigation of dynamical flexibility of D5SIC-DNAM inside DNA duplex in aqueous solution: a systematic classical MD approach
Physical chemistry chemical physics : PCCP, 2024-02, Vol.26 (9), p.7435-7445
2024
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Investigation of the stability of D5SIC-DNAM-incorporated DNA duplex in Taq polymerase binary system: a systematic classical MD approach
Physical chemistry chemical physics : PCCP, 2024-02, Vol.26 (9), p.7287-7295
2024
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Computational Characterization of the Inhibition Mechanism of Xanthine Oxidoreductase by Topiroxostat
ACS catalysis, 2023-05, Vol.13 (9), p.6023-6043
2023
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LICHEM: A QM/MM program for simulations with multipolar and polarizable force fields
Journal of computational chemistry, 2016-04, Vol.37 (11), p.1019-1029
2016
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Synthesis, Electronic Structure, and Magnetism of [Ni(6-Mes)2]+: A Two-Coordinate Nickel(I) Complex Stabilized by Bulky N‑Heterocyclic Carbenes
Journal of the American Chemical Society, 2013-09, Vol.135 (37), p.13640-13643
2013
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Insight into wild-type and T1372E TET2-mediated 5hmC oxidation using ab initio QM/MM calculations
Chemical science (Cambridge), 2018-11, Vol.9 (44), p.8433-8445
2018
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Tinker-HP: a massively parallel molecular dynamics package for multiscale simulations of large complex systems with advanced point dipole polarizable force fields
Chemical science (Cambridge), 2018, Vol.9 (4), p.956-972
2018
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Distal Mutations in the β‑Clamp of DNA Polymerase III Disrupt DNA Orientation and Affect Exonuclease Activity
Journal of the American Chemical Society, 2023-02, Vol.145 (6), p.3478-3490
2023
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Current Status of AMOEBA-IL: A Multipolar/Polarizable Force Field for Ionic Liquids
International journal of molecular sciences, 2020-01, Vol.21 (3), p.697
2020
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Overcoming Aminoglycoside Enzymatic Resistance: Design of Novel Antibiotics and Inhibitors
Molecules (Basel, Switzerland), 2018-01, Vol.23 (2), p.284
2018
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Structural and electronic analysis of the octarepeat region of prion protein with four Cu2+ by polarizable MD and QM/MM simulations
Physical chemistry chemical physics : PCCP, 2021-10, Vol.23 (38), p.21568-21578
2021
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Leveraging QM/MM and Molecular Dynamics Simulations to Decipher the Reaction Mechanism of the Cas9 HNH Domain to Investigate Off-Target Effects
Journal of chemical information and modeling, 2023-11, Vol.63 (21), p.6834-6850
2023
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Effects of the Y432S Cancer-Associated Variant on the Reaction Mechanism of Human DNA Polymerase κ
Journal of chemical information and modeling, 2024-05, Vol.64 (10), p.4231-4249
2024
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Development of Imidazolium-Based Parameters for AMOEBA-IL
The journal of physical chemistry. B, 2023-06, Vol.127 (24), p.5481-5493
2023
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Relative cooperativity in neutral and charged molecular clusters using QM/MM calculations
The Journal of chemical physics, 2024-04, Vol.160 (13)
2024
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Unfolding Pathways of Hen Egg-White Lysozyme in Ethanol
The journal of physical chemistry. B, 2019-04, Vol.123 (15), p.3267-3271
2019
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Cooperativity and Frustration Effects (or Lack Thereof) in Polarizable and Non-polarizable Force Fields
Journal of chemical theory and computation, 2023-11, Vol.19 (21), p.7715-7730
2023
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Impact of Remdesivir Incorporation along the Primer Strand on SARS-CoV‑2 RNA-Dependent RNA Polymerase
Journal of chemical information and modeling, 2022-05, Vol.62 (10), p.2456-2465
2022
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Electronic Structure Effects Related to the Origin of the Remarkable Near-Infrared Absorption of Blastochloris viridis’ Light Harvesting 1‑Reaction Center Complex
Journal of chemical theory and computation, 2022-07, Vol.18 (7), p.4555-4564
2022
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Development and application of quantum mechanics/molecular mechanics methods with advanced polarizable potentials
Wiley interdisciplinary reviews. Computational molecular science, 2021-07, Vol.11 (4), p.e1515-n/a
2021
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