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Mechanistic insights into the phosphoryl transfer reaction in cyclin-dependent kinase 2: A QM/MM study
PloS one, 2019-09, Vol.14 (9), p.e0215793-e0215793
2019
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Structural and Affinity Determinants in the Interaction between Alcohol Acyltransferase from F. x ananassa and Several Alcohol Substrates: A Computational Study
PloS one, 2016-04, Vol.11 (4), p.e0153057-e0153057
2016
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Insights into the Structural and Energetic Descriptions of Ubiquitin Specific Protease 7 (USP7) Catalytic Mechanisms by Hybrid QM/MM Simulations
ChemCatChem, 2023-09, Vol.15 (17)
2023
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Crystal structure and molecular dynamics simulations of a promiscuous ancestor reveal residues and an epistatic interaction involved in substrate binding and catalysis in the ATP‐dependent vitamin kinase family members
Protein science, 2021-04, Vol.30 (4), p.842-854
2021
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Molecular dynamics of protein kinase-inhibitor complexes: a valid structural information
Current pharmaceutical design, 2012, Vol.18 (20), p.2946
2012
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A novel class of selective acetylcholinesterase inhibitors: synthesis and evaluation of (E)-2-(benzo[d]thiazol-2-yl)-3-heteroarylacrylonitriles
Molecules (Basel, Switzerland), 2012-10, Vol.17 (10), p.12072-12085
2012
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Experimental and Theoretical Approaches in the Study of Phenanthroline‐Tetrahydroquinolines for Alzheimer's Disease
ChemistryOpen (Weinheim), 2019-05, Vol.8 (5), p.627-636
2019
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Halogen bonding in drug-like molecules: a computational and systematic study of the substituent effect
RSC advances, 2016-01, Vol.6 (66), p.61837-61847
2016
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Combined molecular modelling and 3D‐QSAR study for understanding the inhibition of NQO1 by heterocyclic quinone derivatives
Chemical biology & drug design, 2018-01, Vol.91 (1), p.29-38
2018
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How a Second Mg2+ Ion Affects the Phosphoryl-Transfer Mechanism in a Protein Kinase: A Computational Study
ACS catalysis, 2021-01, Vol.11 (1), p.169-183
2021
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Study of differences in the VEGFR2 inhibitory activities between semaxanib and SU5205 using 3D-QSAR, docking, and molecular dynamics simulations
Journal of molecular graphics & modelling, 2012-02, Vol.32, p.39-48
2012
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The pH sensor of the plant K+-uptake channel KAT1 is built from a sensory cloud rather than from single key amino acids
Biochemical journal, 2012-02, Vol.442 (1), p.57-63
2012
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Performance of the MM/GBSA scoring using a binding site hydrogen bond network-based frame selection: the protein kinase case
Physical chemistry chemical physics : PCCP, 2014-07, Vol.16 (27), p.14047-14058
2014
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Synthesis, in silico, in vitro, and in vivo investigation of 5-[11C]methoxy-substituted sunitinib, a tyrosine kinase inhibitor of VEGFR-2
European journal of medicinal chemistry, 2012-12, Vol.58, p.272-280
2012
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Multiscale Simulations of Clavulanate Inhibition Identify the Reactive Complex in Class A β‑Lactamases and Predict the Efficiency of Inhibition
Biochemistry (Easton), 2018-07, Vol.57 (26), p.3560-3563
2018
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Design, facile synthesis, and evaluation of novel spiro- and pyrazolo[1,5-c]quinazolines as cholinesterase inhibitors: Molecular docking and MM/GBSA studies
Computational biology and chemistry, 2018-06, Vol.74, p.218-229
2018
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Novel N-allyl/propargyl tetrahydroquinolines: Synthesis via Three-component Cationic Imino Diels-Alder Reaction, Binding Prediction, and Evaluation as Cholinesterase Inhibitors
Chemical biology & drug design, 2016-10, Vol.88 (4), p.498-510
2016
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Computational Study on the Interaction of N1 Substituted Pyrazole Derivatives with B-Raf Kinase: An Unusual Water Wire Hydrogen-Bond Network and Novel Interactions at the Entrance of the Active Site
Journal of chemical information and modeling, 2010-06, Vol.50 (6), p.1101-1112
2010
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On the Reaction Mechanism of the 3,4-Dimethoxybenzaldehyde Formation from 1-(3',4'-Dimethoxyphenyl)Propene
Molecules (Basel, Switzerland), 2018-02, Vol.23 (2), p.412
2018
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Computational Studies of Snake Venom Toxins
Toxins, 2017-12, Vol.10 (1), p.8
2017
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Association of nicotinic acid with a poly(amidoamine) dendrimer studied by molecular dynamics simulations
Journal of molecular graphics & modelling, 2013-02, Vol.39, p.71-78
2013
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Investigation of the Differences in Activity between Hydroxycycloalkyl N1 Substituted Pyrazole Derivatives As Inhibitors of B-Raf Kinase by Using Docking, Molecular Dynamics, QM/MM, and Fragment-Based De Novo Design: Study of Binding Mode of Diastereomer Compounds
Journal of chemical information and modeling, 2011-11, Vol.51 (11), p.2920-2931
2011
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Docking and quantitative structure–activity relationship studies for 3-fluoro-4-(pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-4-yloxy)aniline, 3-fluoro-4-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yloxy)aniline, and 4-(4-amino-2-fluorophenoxy)-2-pyridinylamine derivatives as c-Met kinase inhibitors
Journal of computer-aided molecular design, 2011-04, Vol.25 (4), p.349-369
2011
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Binding and Catalytic Mechanisms of Veratryl Alcohol Oxidation by Lignin Peroxidase: A Theoretical and Experimental Study
Computational and structural biotechnology journal, 2019-01, Vol.17, p.1066-1074
2019
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Novel Coumarin‐Quinoline Hybrids: Design of Multitarget Compounds for Alzheimer's Disease
ChemistrySelect (Weinheim), 2019-01, Vol.4 (2), p.551-558
2019
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