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YaHS: yet another Hi-C scaffolding tool
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-01, Vol.39 (1)
2023
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New strategies to improve minimap2 alignment accuracy
Bioinformatics, 2021-12, Vol.37 (23), p.4572-4574
2021
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CoV-Spectrum: analysis of globally shared SARS-CoV-2 data to identify and characterize new variants
Bioinformatics, 2022-03, Vol.38 (6), p.1735-1737
2022
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igv.js: an embeddable JavaScript implementation of the Integrative Genomics Viewer (IGV)
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-01, Vol.39 (1)
2023
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NanoPack2: population-scale evaluation of long-read sequencing data
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-05, Vol.39 (5)
2023
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Make Interactive Complex Heatmaps in R
Bioinformatics (Oxford, England), 2022-02, Vol.38 (5), p.1460-1462
2022
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Cellsnp-lite: an efficient tool for genotyping single cells
Bioinformatics, 2021-12, Vol.37 (23), p.4569-4571
2021
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Unbiased pangenome graphs
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-01, Vol.39 (1)
2023
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Nanopore base calling on the edge
Bioinformatics, 2021-12, Vol.37 (24), p.4661-4667
2021
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MIMOSA2: a metabolic network-based tool for inferring mechanism-supported relationships in microbiome‐metabolome data
Bioinformatics, 2022-03, Vol.38 (6), p.1615-1623
2022
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TRASH: Tandem Repeat Annotation and Structural Hierarchy
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-05, Vol.39 (5)
2023
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Accelerated nanopore basecalling with SLOW5 data format
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-06, Vol.39 (6)
2023
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PyHMMER: a Python library binding to HMMER for efficient sequence analysis
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-05, Vol.39 (5)
2023
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Theory of local k-mer selection with applications to long-read alignment
Bioinformatics (Oxford, England), 2022-10, Vol.38 (20), p.4659-4669
2022
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GEOfetch: a command-line tool for downloading data and standardized metadata from GEO and SRA
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-03, Vol.39 (3)
2023
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MeganServer: facilitating interactive access to metagenomic data on a server
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-03, Vol.39 (3)
2023
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APSCALE: advanced pipeline for simple yet comprehensive analyses of DNA metabarcoding data
Bioinformatics (Oxford, England), 2022-10, Vol.38 (20), p.4817-4819
2022
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A mixture model for determining SARS-Cov-2 variant composition in pooled samples
Bioinformatics, 2022-03, Vol.38 (7), p.1809-1815
2022
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  • BibTeX
Publication-ready single nucleotide polymorphism visualisation with snipit
Bioinformatics (Oxford, England), 2024-08
2024
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Interactive visualisation of nanopore sequencing signal data with Squigualiser
Bioinformatics (Oxford, England), 2024-08
2024
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R2Dtool: Integration and visualization of isoform-resolved RNA features
Bioinformatics (Oxford, England), 2024-08
2024
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Genome-wide analysis and visualization of copy number with CNVpytor in igv.js
Bioinformatics (Oxford, England), 2024-08, Vol.40 (8)
2024
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Genome-wide detection of somatic mosaicism at short tandem repeats
Bioinformatics (Oxford, England), 2024-08, Vol.40 (8)
2024
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TransTEx: novel tissue-specificity scoring method for grouping human transcriptome into different expression groups
Bioinformatics (Oxford, England), 2024-08, Vol.40 (8)
2024
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HyperGen: compact and efficient genome sketching using hyperdimensional vectors
Bioinformatics (Oxford, England), 2024-07, Vol.40 (7)
2024
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