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Water models for biomolecular simulations
Wiley interdisciplinary reviews. Computational molecular science, 2018-03, Vol.8 (2), p.e1347-n/a
2018
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Opposing Effects of Multivalent Ions on the Flexibility of DNA and RNA
Physical review letters, 2016-07, Vol.117 (2), p.028101-028101, Article 028101
2016
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Atomic level computational identification of ligand migration pathways between solvent and binding site in myoglobin
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2008-07, Vol.105 (27), p.9204-9209
2008
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Two-phase stretching of molecular chains
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2013-02, Vol.110 (8), p.2816-2821
2013
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Implicit Solvent with Explicit Ions Generalized Born Model in Molecular Dynamics: Application to DNA
Journal of chemical theory and computation, 2024-10, Vol.20 (19), p.8724-8739
2024
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Stretching of Long Double-Stranded DNA and RNA Described by the Same Approach
Journal of chemical theory and computation, 2022-06, Vol.18 (6), p.3911-3920
2022
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High-temperature dynamic behavior in bulk liquid water： A molecular dynamics simulation study using the OPC and TIP4P-Ew potentials
Frontiers of physics, 2018-02, Vol.13 (1), p.25-39, Article 138203
2018
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Why Na+ has higher propensity than K+ to condense DNA in a crowded environment
The Journal of chemical physics, 2023-10, Vol.159 (14)
2023
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Accuracy Comparison of Generalized Born Models in the Calculation of Electrostatic Binding Free Energies
Journal of chemical theory and computation, 2018-03, Vol.14 (3), p.1656-1670
2018
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Explicit ions/implicit water generalized Born model for nucleic acids
The Journal of chemical physics, 2018-05, Vol.148 (19), p.195101-195101
2018
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Multi-shell model of ion-induced nucleic acid condensation
The Journal of chemical physics, 2016-04, Vol.144 (15), p.155101-155101
2016
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Understanding nucleic acid structural changes by comparing wide-angle x-ray scattering (WAXS) experiments to molecular dynamics simulations
The Journal of chemical physics, 2016-05, Vol.144 (20), p.205102-205102
2016
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N log N approximation based on the natural organization of biomolecules for speeding up the computation of long range interactions
Journal of computational chemistry, 2010-03, Vol.31 (4), p.691-706
2010
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