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Response to ‘comment on rigorous benchmarking of T cell receptor repertoire profiling methods for cancer RNA sequencing’ by Davydov A.N.; Bolotin D.A.; Poslavsky S. V. and Chudakov D.M
Briefings in bioinformatics, 2023-09, Vol.24 (6)
2023
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Estimation of alternative splicing isoform frequencies from RNA-Seq data
Algorithms for molecular biology, 2011-04, Vol.6 (1), p.9-9, Article 9
2011
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Inferring viral quasispecies spectra from 454 pyrosequencing reads
BMC bioinformatics, 2011-07, Vol.12 Suppl 6 (S6), p.S1-S1, Article S1
2011
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Rigorous benchmarking of T-cell receptor repertoire profiling methods for cancer RNA sequencing
Briefings in bioinformatics, 2023-07, Vol.24 (4)
2023
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A comprehensive benchmarking of WGS-based deletion structural variant callers
Briefings in bioinformatics, 2022-07, Vol.23 (4)
2022
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Accurate viral population assembly from ultra-deep sequencing data
Bioinformatics (Oxford, England), 2014-06, Vol.30 (12), p.i329-i337
2014
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Long Single-Molecule Reads Can Resolve the Complexity of the Influenza Virus Composed of Rare, Closely Related Mutant Variants
Journal of computational biology, 2017-06, Vol.24 (6), p.558
2017
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Systematic evaluation of transcriptomics-based deconvolution methods and references using thousands of clinical samples
Briefings in bioinformatics, 2021-11, Vol.22 (6)
2021
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A Novel Network Representation of SARS-CoV-2 Sequencing Data
Bioinformatics Research and Applications, p.165-175
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HapIso: An Accurate Method for the Haplotype-Specific Isoforms Reconstruction from Long Single-Molecule Reads
Bioinformatics Research and Applications, p.80-92
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ROP: Dumpster Diving in RNA-sequencing to Find the Source of 1 Trillion Reads Across Diverse Adult Human Tissues
Proceedings of the 2018 ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics, 2018, p.573-573
2018
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Estimation of Alternative Splicing isoform Frequencies from RNA-Seq Data
Algorithms in Bioinformatics, p.202-214
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Benchmarking of computational error-correction methods for next-generation sequencing data
Proceedings of the 11th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Health Informatics, 2020, p.1-1
2020
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RNA-Seq based discovery and reconstruction of unannotated transcripts in partially annotated genomes
2011 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops (BIBMW), 2011, p.118-123
2011
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