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Generalized Born Implicit Solvent Models for Biomolecules
Annual review of biophysics, 2019-05, Vol.48 (1), p.275-296
2019
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Water models for biomolecular simulations
Wiley interdisciplinary reviews. Computational molecular science, 2018-03, Vol.8 (2), p.e1347-n/a
2018
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General Purpose Water Model Can Improve Atomistic Simulations of Intrinsically Disordered Proteins
Journal of chemical theory and computation, 2019-04, Vol.15 (4), p.2620-2634
2019
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Exploring optimization strategies for improving explicit water models: Rigid n-point model and polarizable model based on Drude oscillator
PloS one, 2019-11, Vol.14 (11), p.e0224991-e0224991
2019
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Investigation of the chromosome regions with significant affinity for the nuclear envelope in fruit fly--a model based approach
PloS one, 2014-03, Vol.9 (3), p.e91943-e91943
2014
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Why Computed Protein Folding Landscapes Are Sensitive to the Water Model
Journal of chemical theory and computation, 2019-01, Vol.15 (1), p.625-636
2019
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Fast Polarizable Water Model for Atomistic Simulations
Journal of chemical theory and computation, 2022-10, Vol.18 (10), p.6324-6333
2022
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Implicit Solvent Model for Million-Atom Atomistic Simulations: Insights into the Organization of 30-nm Chromatin Fiber
Journal of chemical theory and computation, 2016-12, Vol.12 (12), p.5946-5959
2016
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Grid-Based Surface Generalized Born Model for Calculation of Electrostatic Binding Free Energies
Journal of chemical information and modeling, 2017-10, Vol.57 (10), p.2505-2513
2017
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Explicit ions/implicit water generalized Born model for nucleic acids
The Journal of chemical physics, 2018-05, Vol.148 (19), p.195101-195101
2018
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A strategy for reducing gross errors in the generalized Born models of implicit solvation
The Journal of chemical physics, 2011-04, Vol.134 (16), p.164104-164104-15
2011
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Multi-shell model of ion-induced nucleic acid condensation
The Journal of chemical physics, 2016-04, Vol.144 (15), p.155101-155101
2016
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Understanding nucleic acid structural changes by comparing wide-angle x-ray scattering (WAXS) experiments to molecular dynamics simulations
The Journal of chemical physics, 2016-05, Vol.144 (20), p.205102-205102
2016
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Modeling of Flap Endonuclease Interactions with DNA Substrate
Journal of molecular biology, 2003-05, Vol.328 (3), p.537-554
2003
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Robustness of Multidimensional Optimization Outcomes: A General Approach and a Case Study
2020 Spring Simulation Conference (SpringSim), 2020, p.1-12
2020
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