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Bio++: a set of C++ libraries for sequence analysis, phylogenetics, molecular evolution and population genetics
BMC bioinformatics, 2006-04, Vol.7 (1), p.188-188, Article 188
2006
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PhySIC_IST: cleaning source trees to infer more informative supertrees
BMC bioinformatics, 2008-10, Vol.9 (1), p.413-413, Article 413
2008
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Models, algorithms and programs for phylogeny reconciliation
Briefings in bioinformatics, 2011-09, Vol.12 (5), p.392-400
2011
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Inferring incomplete lineage sorting, duplications, transfers and losses with reconciliations
Journal of theoretical biology, 2017-11, Vol.432, p.1-13
2017
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USI: a fast and accurate approach for conceptual document annotation
BMC bioinformatics, 2015-03, Vol.16 (1), p.83-83, Article 83
2015
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Representing a set of reconciliations in a compact way
Journal of bioinformatics and computational biology, 2013-04, Vol.11 (2), p.1250025
2013
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A fast method for calculating reliable event supports in tree reconciliations via Pareto optimality
BMC bioinformatics, 2015-11, Vol.16 (384), p.384-384, Article 384
2015
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SuperTriplets: a triplet-based supertree approach to phylogenomics
Bioinformatics, 2010-06, Vol.26 (12), p.i115-i123
2010
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Exploring the space of gene/species reconciliations with transfers
Journal of mathematical biology, 2015-11, Vol.71 (5), p.1179-1209
2015
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Inferring gene duplications, transfers and losses can be done in a discrete framework
Journal of mathematical biology, 2016-06, Vol.72 (7), p.1811-1844
2016
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Quartet-based phylogenetic inference: improvements and limits
Molecular biology and evolution, 2001-06, Vol.18 (6), p.1103-1116
2001
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Efficient selection of branch-specific models of sequence evolution
Molecular biology and evolution, 2012-07, Vol.29 (7), p.1861-1874
2012
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PhySIC: A Veto Supertree Method with Desirable Properties
Systematic biology, 2007-10, Vol.56 (5), p.798-817
2007
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Reconciliation and local gene tree rearrangement can be of mutual profit
Algorithms for molecular biology, 2013-04, Vol.8 (1), p.12-12, Article 12
2013
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