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OpenSim: Simulating musculoskeletal dynamics and neuromuscular control to study human and animal movement
PLoS computational biology, 2018-07, Vol.14 (7), p.e1006223-e1006223
2018
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Exploring the single-cell RNA-seq analysis landscape with the scRNA-tools database
PLoS computational biology, 2018-06, Vol.14 (6), p.e1006245-e1006245
2018
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Cytofkit: A Bioconductor Package for an Integrated Mass Cytometry Data Analysis Pipeline
PLoS computational biology, 2016-09, Vol.12 (9), p.e1005112-e1005112
2016
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The SKMT Algorithm: A method for assessing and comparing underlying protein entanglement
PLoS computational biology, 2023-11, Vol.19 (11), p.e1011248-e1011248
2023
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EmbryoMiner: A new framework for interactive knowledge discovery in large-scale cell tracking data of developing embryos
PLoS computational biology, 2018-04, Vol.14 (4), p.e1006128-e1006128
2018
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HaSAPPy: A tool for candidate identification in pooled forward genetic screens of haploid mammalian cells
PLoS computational biology, 2018-01, Vol.14 (1), p.e1005950
2018
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Two-dimensional video-based analysis of human gait using pose estimation
PLoS computational biology, 2021-04, Vol.17 (4), p.e1008935-e1008935
2021
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A spectrum of free software tools for processing the VCF variant call format: vcflib, bio-vcf, cyvcf2, hts-nim and slivar
PLoS computational biology, 2022-05, Vol.18 (5), p.e1009123-e1009123
2022
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Open collaborative writing with Manubot
PLoS computational biology, 2019-06, Vol.15 (6), p.e1007128
2019
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Better together: Elements of successful scientific software development in a distributed collaborative community
PLoS computational biology, 2020-05, Vol.16 (5), p.e1007507-e1007507
2020
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PyHIST: A Histological Image Segmentation Tool
PLoS computational biology, 2020-10, Vol.16 (10), p.e1008349-e1008349
2020
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Recursive MAGUS: Scalable and accurate multiple sequence alignment
PLoS computational biology, 2021-10, Vol.17 (10), p.e1008950-e1008950
2021
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Moving analytical ultracentrifugation software to a good manufacturing practices (GMP) environment
PLoS computational biology, 2020-06, Vol.16 (6), p.e1007942-e1007942
2020
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GenOtoScope: Towards automating ACMG classification of variants associated with congenital hearing loss
PLoS computational biology, 2022-09, Vol.18 (9), p.e1009785-e1009785
2022
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Searching algorithm for Type IV effector proteins (S4TE) 2.0: Improved tools for Type IV effector prediction, analysis and comparison in proteobacteria
PLoS computational biology, 2019-03, Vol.15 (3), p.e1006847-e1006847
2019
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Haisu: Hierarchically supervised nonlinear dimensionality reduction
PLoS computational biology, 2022-07, Vol.18 (7), p.e1010351-e1010351
2022
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PDKit: A data science toolkit for the digital assessment of Parkinson's Disease
PLoS computational biology, 2021-03, Vol.17 (3), p.e1008833-e1008833
2021
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Context-explorer: Analysis of spatially organized protein expression in high-throughput screens
PLoS computational biology, 2019-01, Vol.15 (1), p.e1006384-e1006384
2019
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Integrative structural modeling with small angle X-ray scattering profiles
BMC structural biology, 2012-07, Vol.12 (1), p.17-17
2012
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