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Water models for biomolecular simulations
Wiley interdisciplinary reviews. Computational molecular science, 2018-03, Vol.8 (2), p.e1347-n/a
2018
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Speed of Conformational Change: Comparing Explicit and Implicit Solvent Molecular Dynamics Simulations
Biophysical journal, 2015-03, Vol.108 (5), p.1153-1164
2015
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General Purpose Water Model Can Improve Atomistic Simulations of Intrinsically Disordered Proteins
Journal of chemical theory and computation, 2019-04, Vol.15 (4), p.2620-2634
2019
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Atomic level computational identification of ligand migration pathways between solvent and binding site in myoglobin
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2008-07, Vol.105 (27), p.9204-9209
2008
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Why Computed Protein Folding Landscapes Are Sensitive to the Water Model
Journal of chemical theory and computation, 2019-01, Vol.15 (1), p.625-636
2019
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Implicit Solvent with Explicit Ions Generalized Born Model in Molecular Dynamics: Application to DNA
Journal of chemical theory and computation, 2024-10, Vol.20 (19), p.8724-8739
2024
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Implicit Solvent Model for Million-Atom Atomistic Simulations: Insights into the Organization of 30-nm Chromatin Fiber
Journal of chemical theory and computation, 2016-12, Vol.12 (12), p.5946-5959
2016
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Protein–Ligand Electrostatic Binding Free Energies from Explicit and Implicit Solvation
Journal of chemical theory and computation, 2015-09, Vol.11 (9), p.4450-4459
2015
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Grid-Based Surface Generalized Born Model for Calculation of Electrostatic Binding Free Energies
Journal of chemical information and modeling, 2017-10, Vol.57 (10), p.2505-2513
2017
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Multidimensional Global Optimization and Robustness Analysis in the Context of Protein–Ligand Binding
Journal of chemical theory and computation, 2020-07, Vol.16 (7), p.4669-4684
2020
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Improving the Accuracy of Physics-Based Hydration-Free Energy Predictions by Machine Learning the Remaining Error Relative to the Experiment
Journal of chemical theory and computation, 2024-01, Vol.20 (1), p.396-410
2024
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  • BibTeX
Accuracy of continuum electrostatic calculations based on three common dielectric boundary definitions
Journal of theoretical & computational chemistry, 2014-05, Vol.13 (3), p.1440006
2014
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