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Sensitive, Highly Multiplexed Sequencing of Microhaplotypes From the Plasmodium falciparum Heterozygome
The Journal of infectious diseases, 2022-04, Vol.225 (7), p.1227-1237
2022
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Microbial genomic island discovery, visualization and analysis
Briefings in bioinformatics, 2019-09, Vol.20 (5), p.1685-1698
2019
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Evidence of Recent Genomic Evolution in Gonococcal Strains With Decreased Susceptibility to Cephalosporins or Azithromycin in the United States, 2014-2016
The Journal of infectious diseases, 2019-06, Vol.220 (2), p.294-305
2019
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Enhancing Meningococcal Genomic Surveillance in the Meningitis Belt Using High-Resolution Culture-Free Whole-Genome Sequencing
The Journal of infectious diseases, 2022-09, Vol.226 (4), p.729-737
2022
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The global dissemination of bacterial infections necessitates the study of reverse genomic epidemiology
Briefings in bioinformatics, 2020-03, Vol.21 (2), p.741-750
2020
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Genomic Analysis of Clostridioides difficile in 2 Regions of the United States Reveals a Diversity of Strains and Limited Transmission
The Journal of infectious diseases, 2022-01, Vol.225 (1), p.121-129
2022
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Portable sequencing of Mycobacterium tuberculosis for clinical and epidemiological applications
Briefings in bioinformatics, 2022-09, Vol.23 (5)
2022
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Shiga toxin-producing Escherichia coli diagnosed by Stx PCR: assessing the public health risk of non-O157 strains
European journal of public health, 2021-06, Vol.31 (3), p.576-582
2021
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Genome Sequencing-Based Prognosis, Mutational Analysis, and Survival Rate of Pediatric Acute Myeloid Leukemia
American journal of clinical pathology, 2023-11, Vol.160 (Supplement_1), p.S96-S97
2023
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Genomic Characterization of USA300 Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) to Evaluate Intraclass Transmission and Recurrence of Skin and Soft Tissue Infection (SSTI) Among High-Risk Military Trainees
Clinical infectious diseases, 2017-08, Vol.65 (3), p.461-468
2017
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Genomic Epidemiology of Invasive Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Infections Among Hospitalized Individuals in Ontario, Canada
The Journal of infectious diseases, 2020-12, Vol.222 (12), p.2071-2081
2020
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Air travel-related outbreak of multiple SARS-CoV-2 variants
Journal of travel medicine, 2021-12, Vol.28 (8)
2021
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The Mosaic mtr Locus as Major Genetic Determinant of Azithromycin Resistance of Neisseria gonorrhoeae—Germany, 2018
The Journal of infectious diseases, 2021-10, Vol.224 (8), p.1398-1404
2021
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Toward a Global Genomic Epidemiology of Meningococcal Disease
The Journal of infectious diseases, 2019-10, Vol.220 (220 Suppl 4), p.S266-S273
2019
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A GPU-accelerated compute framework for pathogen genomic variant identification to aid genomic epidemiology of infectious disease: a malaria case study
Briefings in bioinformatics, 2022-09, Vol.23 (5)
2022
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Population-Based Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Whole-Genome Sequencing and Contact Tracing During the Coronavirus Disease 2019 Pandemic in Switzerland
The Journal of infectious diseases, 2023-08, Vol.228 (3), p.251-260
2023
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Investigation of a Cluster of Sequence Type 22 Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Transmission in a Community Setting
Clinical infectious diseases, 2017-12, Vol.65 (12), p.2069-2077
2017
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Comparative genomics of Vibrio cholerae O1 isolated from cholera patients in Bangladesh
Letters in applied microbiology, 2018-10, Vol.67 (4), p.329-336
2018
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An outbreak of multiple genotypes of Listeria monocytogenes in New Zealand linked to contaminated ready‐to‐eat meats—a retrospective analysis using whole‐genome sequencing
Letters in applied microbiology, 2019-12, Vol.69 (6), p.392-398
2019
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Complete genome sequence of Achromobacter insolitus type strain LMG 6003T, a pathogen isolated from leg wound
Pathogens and disease, 2017-06, Vol.75 (4)
2017
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