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Computational approaches to predict protein functional families and functional sites
Current opinion in structural biology, 2021-10, Vol.70, p.108-122
2021
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Protein function annotation using protein domain family resources
Methods (San Diego, Calif.), 2016-01, Vol.93, p.24-34
2016
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Protein function prediction – the power of multiplicity
Trends in biotechnology (Regular ed.), 2009-04, Vol.27 (4), p.210-219
2009
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Exploring the structure and function paradigm
Current opinion in structural biology, 2008-06, Vol.18 (3), p.394-402
2008
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Domain-Based and Family-Specific Sequence Identity Thresholds Increase the Levels of Reliable Protein Function Transfer
Journal of molecular biology, 2009-03, Vol.387 (2), p.416-430
2009
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Functional innovation from changes in protein domains and their combinations
Current opinion in structural biology, 2016-06, Vol.38, p.44-52
2016
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Detailed Analysis of Function Divergence in a Large and Diverse Domain Superfamily: Toward a Refined Protocol of Function Classification
Structure (London), 2010-11, Vol.18 (11), p.1522-1535
2010
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Exploiting structural classifications for function prediction: towards a domain grammar for protein function
Current opinion in structural biology, 2009-06, Vol.19 (3), p.349-356
2009
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Diversity in protein domain superfamilies
Current opinion in genetics & development, 2015-12, Vol.35, p.40-49
2015
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Large-Scale Analysis Exploring Evolution of Catalytic Machineries and Mechanisms in Enzyme Superfamilies
Journal of molecular biology, 2016-01, Vol.428 (2), p.253-267
2016
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Evolution of Protein Superfamilies and Bacterial Genome Size
Journal of molecular biology, 2004-02, Vol.336 (4), p.871-887
2004
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One Fold with Many Functions: The Evolutionary Relationships between TIM Barrel Families Based on their Sequences, Structures and Functions
Journal of Molecular Biology, 2002-08, Vol.321 (5), p.741-765
2002
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Mapping the Constrained Coding Regions in the Human Genome to Their Corresponding Proteins
Journal of molecular biology, 2023-01, Vol.435 (2), p.167892-167892, Article 167892
2023
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Editorial overview: Sequences and topology: sequences, structures, genomes and populations
Current opinion in structural biology, 2014-06, Vol.26, p.vii-viii
2014
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Functional site plasticity in domain superfamilies
Biochimica et biophysica acta, 2013-05, Vol.1834 (5), p.874-889
2013
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Evolution of protein function, from a structural perspective
Current Opinion in Chemical Biology, 1999-10, Vol.3 (5), p.548-556
1999
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Progress of Structural Genomics Initiatives: An Analysis of Solved Target Structures
Journal of molecular biology, 2005-05, Vol.348 (5), p.1235-1260
2005
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Plasticity of enzyme active sites
Trends in Biochemical Sciences, 2002-08, Vol.27 (8), p.419-426
2002
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Sequence and Structural Differences between Enzyme and Nonenzyme Homologs
Structure (London), 2002-10, Vol.10 (10), p.1435-1451
2002
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From protein structure to function
Current opinion in structural biology, 1999-06, Vol.9 (3), p.374-382
1999
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Protein folds, functions and evolution
Journal of molecular biology, 1999-10, Vol.293 (2), p.333-342
1999
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Microeconomic principles explain an optimal genome size in bacteria
Trends in genetics, 2005, Vol.21 (1), p.21-25
2005
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Protein folds and functions
Structure (London), 1998-07, Vol.6 (7), p.875-884
1998
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Sequences and topology: Genes and structures in context
Current opinion in structural biology, 2004-06, Vol.14 (3), p.261-263
2004
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Alpha plus beta folds revisited: some favoured motifs
Structure (London), 1993-10, Vol.1 (2), p.105-120
1993
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