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121 Advanced computational studies of G-quadruplex folding and topological preferences
Journal of biomolecular structure & dynamics, 2015-05, Vol.33 (sup1), p.76-77
2015
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106 Deriving force field dihedral angle parameters that account for conformation-dependent solvation effects
Journal of biomolecular structure & dynamics, 2013-01, Vol.31 (sup1), p.67-67
2013
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42 Computer folding of RNA tetraloops? Are we there yet?
Journal of biomolecular structure & dynamics, 2013-01, Vol.31 (sup1), p.25-26
2013
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110 Refinement of force field torsion parameters for nucleic acids based on inclusion of conformation-dependent solvation effects
Journal of biomolecular structure & dynamics, 2013-01, Vol.31 (sup1), p.70-70
2013
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Relationships among rise, cup, roll and stagger in DNA suggested by empirical potential studies of base stacking
Journal of biomolecular structure & dynamics, 1993-08, Vol.11 (1), p.27-41
1993
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Hydrogen Bonding and Stacking of DNA Bases: A Review of Quantum-chemical ab initio Studies
Journal of biomolecular structure & dynamics, 1996-08, Vol.14 (1), p.117-135
1996
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Nonplanar DNA Base Pairs
Journal of biomolecular structure & dynamics, 1996-04, Vol.13 (5), p.827-833
1996
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Base Stacking and Hydrogen Bonding in Protonated Cytosine Dimer: The Role of Molecular ion-dipole and Induction Interactions
Journal of biomolecular structure & dynamics, 1996-02, Vol.13 (4), p.695-706
1996
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Ribosomal RNA Kink-turn Motif-A Flexible Molecular Hinge
Journal of biomolecular structure & dynamics, 2004-10, Vol.22 (2), p.183-193
2004
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Theoretical Analysis of the Base Stacking in DNA: Choice of the Force Field and a Comparison with the Oligonucleotide Crystal Structures
Journal of biomolecular structure & dynamics, 1993-10, Vol.11 (2), p.277-292
1993
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Aromatic Base Stacking in DNA: From ab initio Calculations to Molecular Dynamics Simulations
Journal of biomolecular structure & dynamics, 2000-01, Vol.17 (sup1), p.1-24
2000
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Interactions of Hydrated IIa and IIb Group Metal Cations with Thioguanine-Cytosine DNA Base Pair: Ab initio and Density Functional Theory Investigation of Polarization Effects, Differences Among Cations, and Flexibility of the Cation Hydration Shell
Journal of biomolecular structure & dynamics, 1999-08, Vol.17 (1), p.61-77
1999
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G.C. Base Pair in Parallel-Stranded DNA-A Novel Type of Base Pairing: An ab initio Quantum Chemical Study
Journal of biomolecular structure & dynamics, 1994-12, Vol.12 (3), p.671-680
1994
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Structure, Energetics, Vibrational Frequencies and Charge Transfer of Base Pairs, Nucleoside Pairs, Nucleotide Pairs and B-DNA Pairs of Trinucleotides: ab initio HF/MINI-1 and Empirical Force Field Study
Journal of biomolecular structure & dynamics, 2000-06, Vol.17 (6), p.1077-1086
2000
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Stabilization of the Purine•Purine•Pyrimidine DNA Base Triplets by Divalent Metal Cations
Journal of biomolecular structure & dynamics, 1998-08, Vol.16 (1), p.139-143
1998
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Molecular Dynamics Simulation of GM1 in Phospholipid Bilayer
Journal of biomolecular structure & dynamics, 2002-06, Vol.19 (6), p.1121-1132
2002
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Stabilization of the PurinePurinePyrimidine DNA Base Triplets by Divalent Metal Cations
Journal of biomolecular structure & dynamics, 1998-08, Vol.16 (1), p.139-143
1998
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Solution Structure of the Dodecamer d-(CATGGGCC-CATG)2 is B-DNA. Experimental and Molecular Dynamics Study
Journal of biomolecular structure & dynamics, 2001-08, Vol.19 (1), p.159-174
2001
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Base Pair Buckling Can Eliminate the Interstrand Purine Clash at the CpG Steps in B-DNA Caused by the Base Pair Propeller Twisting
Journal of biomolecular structure & dynamics, 1990-06, Vol.7 (6), p.1211-1220
1990
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Four-Stranded Intercalated Cytosine-Rich Molecules: Novel Insights into DNA Structure and Stability
Nucleosides & nucleotides, 1999-06, Vol.18 (6-7), p.1583-1585
1999
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