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Metalign: efficient alignment-based metagenomic profiling via containment min hash
Genome Biology, 2020-09, Vol.21 (1), p.1-242, Article 242
2020
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Improving the usability and archival stability of bioinformatics software
Genome Biology, 2019-02, Vol.20 (1), p.47-47, Article 47
2019
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Technology dictates algorithms: recent developments in read alignment
Genome Biology, 2021-08, Vol.22 (1), p.249-249, Article 249
2021
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Improving the completeness of public metadata accompanying omics studies
Genome Biology, 2021-04, Vol.22 (1), p.106-106, Article 106
2021
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MiCoP: microbial community profiling method for detecting viral and fungal organisms in metagenomic samples
BMC genomics, 2019-06, Vol.20 (Suppl 5), p.423-423, Article 423
2019
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Genomic reproducibility in the bioinformatics era
Genome Biology, 2024-08, Vol.25 (1), p.213-15, Article 213
2024
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Estimation of alternative splicing isoform frequencies from RNA-Seq data
Algorithms for molecular biology, 2011-04, Vol.6 (1), p.9-9, Article 9
2011
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Meta-analysis of (single-cell method) benchmarks reveals the need for extensibility and interoperability
Genome Biology, 2023-05, Vol.24 (1), p.119-11, Article 119
2023
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Benchmarking of computational error-correction methods for next-generation sequencing data
Genome Biology, 2020-03, Vol.21 (1), p.71-71, Article 71
2020
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Improving the usability and comprehensiveness of microbial databases
BMC biology, 2020-04, Vol.18 (1), p.37-37, Article 37
2020
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Inferring viral quasispecies spectra from 454 pyrosequencing reads
BMC bioinformatics, 2011-07, Vol.12 Suppl 6 (S6), p.S1-S1, Article S1
2011
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Recommendations to enhance rigor and reproducibility in biomedical research
Gigascience, 2020-06, Vol.9 (6)
2020
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The Pioneer Advantage: Filling the blank spots on the map of genome diversity in Europe
Gigascience, 2022-09, Vol.11
2022
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ROP: dumpster diving in RNA-sequencing to find the source of 1 trillion reads across diverse adult human tissues
Genome Biology, 2018-02, Vol.19 (1), p.36-36, Article 36
2018
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Correction to: Improving the usability and comprehensiveness of microbial databases
BMC biology, 2020-07, Vol.18 (1), p.1-92, Article 92
2020
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Corrigendum to: Recommendations to enhance rigor and reproducibility in biomedical research
Gigascience, 2020-09, Vol.9 (9)
2020
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TRIP: a method for novel transcript reconstruction from paired-end RNA-seq reads
BMC bioinformatics, 2012-12, Vol.13 (S18), p.A11-A11, Article A11
2012
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TAMPA: interpretable analysis and visualization of metagenomics-based taxon abundance profiles
Gigascience, 2022-12, Vol.12
2022
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A vast resource of allelic expression data spanning human tissues
Genome Biology, 2020-09, Vol.21 (1), p.234-234, Article 234
2020
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The Gene Expression Deconvolution Interactive Tool (GEDIT): accurate cell type quantification from gene expression data
Gigascience, 2021-02, Vol.10 (2)
2021
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Whole blood transcriptomics identifies subclasses of pediatric septic shock
Critical care (London, England), 2023-12, Vol.27 (1), p.486-486, Article 486
2023
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Transcriptome assembly and quantification from Ion Torrent RNA-Seq data
BMC genomics, 2014, Vol.15 Suppl 5 (S5), p.S7-S7, Article S7
2014
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Scientists without borders: lessons from Ukraine
Gigascience, 2022-12, Vol.12
2022
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Telescope: an interactive tool for managing large-scale analysis from mobile devices
Gigascience, 2020-01, Vol.9 (1)
2020
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