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Hybridization and the origin of new yeast lineages
FEMS yeast research, 2020-08, Vol.20 (5), p.1
2020
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EvolClust: automated inference of evolutionary conserved gene clusters in eukaryotes
Bioinformatics, 2020-02, Vol.36 (4), p.1265-1266
2020
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Genome, Transcriptome, and Functional Analyses of Penicillium expansum Provide New Insights Into Secondary Metabolism and Pathogenicity
Molecular plant-microbe interactions, 2015-03, Vol.28 (3), p.232-248
2015
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CROSSMAPPER: estimating cross-mapping rates and optimizing experimental design in multi-species sequencing studies
Bioinformatics, 2020-02, Vol.36 (3), p.925-927
2020
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The birth of a deadly yeast: tracing the evolutionary emergence of virulence traits in Candida glabrata
FEMS yeast research, 2016-03, Vol.16 (2), p.fov110-fov110
2016
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trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses
Bioinformatics, 2009-08, Vol.25 (15), p.1972-1973
2009
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Big data and other challenges in the quest for orthologs
Bioinformatics (Oxford, England), 2014-11, Vol.30 (21), p.2993-2998
2014
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HaploTypo: a variant-calling pipeline for phased genomes
Bioinformatics, 2020-04, Vol.36 (8), p.2569-2571
2020
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Structural characterization of NORAD reveals a stabilizing role of spacers and two new repeat units
Computational and structural biotechnology journal, 2021-01, Vol.19, p.3245-3254
2021
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Assigning duplication events to relative temporal scales in genome-wide studies
Bioinformatics, 2011-01, Vol.27 (1), p.38-45
2011
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Citizen-science reveals changes in the oral microbiome in Spain through age and lifestyle factors
NPJ biofilms and microbiomes, 2022-05, Vol.8 (1), p.38-38, Article 38
2022
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Several secondary metabolite gene clusters in the genomes of ten Penicillium spp. raise the risk of multiple mycotoxin occurrence in chestnuts
Food microbiology, 2024-09, Vol.122, p.104532-104532, Article 104532
2024
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Evolutionary analyses of genes in Echinodermata offer insights towards the origin of metazoan phyla
Genomics (San Diego, Calif.), 2022-07, Vol.114 (4), p.110431-110431, Article 110431
2022
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Misidentification of genome assemblies in public databases: The case of Naumovozyma dairenensis and proposal of a protocol to correct misidentifications
Yeast (Chichester, England), 2018-06, Vol.35 (6), p.425-429
2018
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JLOH: Inferring loss of heterozygosity blocks from sequencing data
Computational and structural biotechnology journal, 2023, Vol.21, p.5738-5750
2023
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SeqEditor: an application for primer design and sequence analysis with or without GTF/GFF files
Bioinformatics (Oxford, England), 2021-07, Vol.37 (11), p.1610-1612
2021
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Measuring guide-tree dependency of inferred gaps in progressive aligners
Bioinformatics, 2013-04, Vol.29 (8), p.1011-1017
2013
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Interactions between closely related bacterial strains are revealed by deep transcriptome sequencing
Applied and Environmental Microbiology, 2015-12, Vol.81 (24), p.8445-8456
2015
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Evolution of selenophosphate synthetases: emergence and relocation of function through independent duplications and recurrent subfunctionalization
Genome research, 2015-09, Vol.25 (9), p.1256-1267
2015
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OCT1 – a yeast mitochondrial thiolase involved in the 3-oxoadipate pathway
FEMS yeast research, 2021-08, Vol.21 (5), p.1
2021
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Toward community standards in the quest for orthologs
Bioinformatics (Oxford, England), 2012-03, Vol.28 (6), p.900-904
2012
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Metabolic gene clusters encoding the enzymes of two branches of the 3-oxoadipate pathway in the pathogenic yeast Candida albicans
FEMS yeast research, 2015-05, Vol.15 (3)
2015
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Lineage-specific gene loss following mitochondrial endosymbiosis and its potential for function prediction in eukaryotes
Bioinformatics, 2005-09, Vol.21 (suppl-2), p.ii144-ii150
2005
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