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Decontamination of ambient RNA in single-cell RNA-seq with DecontX
Genome Biology, 2020-03, Vol.21 (1), p.57-57, Article 57
2020
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Strand-specific RNA sequencing in Plasmodium falciparum malaria identifies developmentally regulated long non-coding RNA and circular RNA
BMC genomics, 2015-06, Vol.16 (1), p.454-454, Article 454
2015
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The long non-coding RNA BBOX1 antisense RNA 1 is upregulated in polycystic ovary syndrome (PCOS) and suppresses the role of microRNA-19b in the proliferation of ovarian granulose cells: Short title: BBOX1 antisense RNA 1 in cell proliferation
BMC women's health, 2023-09, Vol.23 (1), p.508-508, Article 508
2023
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Transcriptome-wide profiles of circular RNA and RNA-binding protein interactions reveal effects on circular RNA biogenesis and cancer pathway expression
Genome medicine, 2020-12, Vol.12 (1), p.112-22, Article 112
2020
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RNA binding motif 47 (RBM47): emerging roles in vertebrate development, RNA editing and cancer
Molecular and cellular biochemistry, 2021-12, Vol.476 (12), p.4493-4505
2021
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Altered microRNA expression profile in the peripheral lymphoid compartment of multiple myeloma patients with bisphosphonate-induced osteonecrosis of the jaw
Annals of hematology, 2018-07, Vol.97 (7), p.1259-1269
2018
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SoupX removes ambient RNA contamination from droplet-based single-cell RNA sequencing data
Gigascience, 2020-12, Vol.9 (12)
2020
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The comparative RNA web (CRW) site: an online database of comparative sequence and structure information for ribosomal, intron, and other RNAs
BMC bioinformatics, 2002-01, Vol.3 (1), p.2-2, Article 2
2002
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PLEK: a tool for predicting long non-coding RNAs and messenger RNAs based on an improved k-mer scheme
BMC bioinformatics, 2014-09, Vol.15 (1), p.311-311, Article 311
2014
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RNA-binding landscapes of two SR proteins reveal unique functions and binding to diverse RNA classes
Genome Biology, 2012-01, Vol.13 (3), p.R17-R17
2012
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RNA interference-based therapy and its delivery systems
Cancer and metastasis reviews, 2018-03, Vol.37 (1), p.107-124
2018
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Long non-coding RNA AGAP2-AS1, functioning as a competitive endogenous RNA, upregulates ANXA11 expression by sponging miR-16-5p and promotes proliferation and metastasis in hepatocellular carcinoma
Journal of experimental & clinical cancer research, 2019-05, Vol.38 (1), p.194-194
2019
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tRNA-derived RNA fragments in cancer: current status and future perspectives
Journal of hematology and oncology, 2020-09, Vol.13 (1), p.121-121, Article 121
2020
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Integrative analysis of circRNA, miRNA, and mRNA profiles to reveal ceRNA regulation in chicken muscle development from the embryonic to post-hatching periods
BMC genomics, 2022-05, Vol.23 (1), p.342-342, Article 342
2022
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Circular RNA expression profiles and features in human tissues: a study using RNA-seq data
BMC genomics, 2017-10, Vol.18 (Suppl 6), p.680-680, Article 680
2017
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Dormant non-culturable Mycobacterium tuberculosis retains stable low-abundant mRNA
BMC genomics, 2015-11, Vol.16 (943), p.954-954, Article 954
2015
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Dengue and Zika RNA-RNA interactomes reveal pro- and anti-viral RNA in human cells
Genome Biology, 2023-12, Vol.24 (1), p.279-17, Article 279
2023
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Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain
Genome Biology, 2017-01, Vol.18 (1), p.1-1, Article 1
2017
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Transcriptome assembly from long-read RNA-seq alignments with StringTie2
Genome Biology, 2019-12, Vol.20 (1), p.278-278, Article 278
2019
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The RNA–RNA base pairing potential of human Dicer and Ago2 proteins
Cellular and molecular life sciences : CMLS, 2020-08, Vol.77 (16), p.3231-3244
2020
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VIPER: Visualization Pipeline for RNA-seq, a Snakemake workflow for efficient and complete RNA-seq analysis
BMC bioinformatics, 2018-04, Vol.19 (1), p.135-135, Article 135
2018
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Single-cell RNA sequencing in cancer research
Journal of experimental & clinical cancer research, 2021-03, Vol.40 (1), p.81-17, Article 81
2021
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Interaction and cross-talk between non-coding RNAs
Cellular and molecular life sciences : CMLS, 2018-02, Vol.75 (3), p.467-484
2018
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Long non-coding RNA small nucleolar RNA host gene 12 (SNHG12) promotes tumorigenesis and metastasis by targeting miR-199a/b-5p in hepatocellular carcinoma
Journal of experimental & clinical cancer research, 2017-01, Vol.36 (1), p.11-11, Article 11
2017
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Comprehensive catalog of dendritically localized mRNA isoforms from sub-cellular sequencing of single mouse neurons
BMC biology, 2019-01, Vol.17 (1), p.5-5, Article 5
2019
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