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A phylogenetic transform enhances analysis of compositional microbiota data
eLife, 2017-02, Vol.6
2017
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Establishing microbial composition measurement standards with reference frames
Nature communications, 2019-06, Vol.10 (1), p.2719-11, Article 2719
2019
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SARS-CoV-2 Titers in Wastewater Are Higher than Expected from Clinically Confirmed Cases
mSystems, , Vol.5 (4)
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Prioritizing surveillance of Nipah virus in India
PLoS neglected tropical diseases, 2019-06, Vol.13 (6), p.e0007393-e0007393
2019
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The Microbiome Stress Project: Toward a Global Meta-Analysis of Environmental Stressors and Their Effects on Microbial Communities
Frontiers in microbiology, 2019-01, Vol.9, p.3272
2019
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Rare microbial taxa emerge when communities collide: freshwater and marine microbiome responses to experimental mixing
Ecology (Durham), 2020-03, Vol.101 (3), p.1-14
2020
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Signatures of ecological processes in microbial community time series
Microbiome, 2018-06, Vol.6 (1), p.120-120, Article 120
2018
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Novel Covariance-Based Neutrality Test of Time-Series Data Reveals Asymmetries in Ecological and Economic Systems
PLoS computational biology, 2016-09, Vol.12 (9), p.e1005124-e1005124
2016
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Phylofactorization: a graph partitioning algorithm to identify phylogenetic scales of ecological data
Ecological monographs, 2019-05, Vol.89 (2), p.1-27
2019
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The problem of scale in the prediction and management of pathogen spillover
Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B. Biological sciences, 2019-09, Vol.374 (1782), p.20190224
2019
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The microbiome of cryospheric ecosystems
Nature communications, 2022-06, Vol.13 (1), p.3087-3087, Article 3087
2022
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Microdiversity characterizes prevalent phylogenetic clades in the glacier-fed stream microbiome
The ISME Journal, 2022-03, Vol.16 (3), p.666-675
2022
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Temporal and spatial limitations in global surveillance for bat filoviruses and henipaviruses
Biology letters (2005), 2019-12, Vol.15 (12), p.20190423-20190423
2019
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Dynamic and integrative approaches to understanding pathogen spillover
Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B. Biological sciences, 2019-09, Vol.374 (1782), p.20190014
2019
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Fitness tradeoffs between spores and nonaggregating cells can explain the coexistence of diverse genotypes in cellular slime molds
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2015-03, Vol.112 (9), p.2776-2781
2015
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Phylogenetic factorization of compositional data yields lineage-level associations in microbiome datasets
PeerJ (San Francisco, CA), 2017-02, Vol.5, p.e2969-e2969, Article e2969
2017
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Correction: Prioritizing surveillance of Nipah virus in India
PLoS neglected tropical diseases, 2023-02, Vol.17 (2), p.e0011126-e0011126
2023
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A phylogenetic model for the recruitment of species into microbial communities and application to studies of the human microbiome
The ISME Journal, 2020-06, Vol.14 (6), p.1359-1368
2020
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Percolation models of pathogen spillover
Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B. Biological sciences, 2019-09, Vol.374 (1782), p.20180331
2019
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Ecological and evolutionary drivers of haemoplasma infection and bacterial genotype sharing in a Neotropical bat community
Molecular ecology, 2020-04, Vol.29 (8), p.1534-1549
2020
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Identifying Suspect Bat Reservoirs of Emerging Infections
Vaccines (Basel), 2020-05, Vol.8 (2), p.228
2020
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Methods for phylogenetic analysis of microbiome data
Nature microbiology, 2018-06, Vol.3 (6), p.652
2018
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Taxonomic patterns in the zoonotic potential of mammalian viruses
PeerJ (San Francisco, CA), 2018-11, Vol.6, p.e5979-e5979, Article e5979
2018
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Patterns and Drivers of Extracellular Enzyme Activity in New Zealand Glacier-Fed Streams
Frontiers in microbiology, 2020-11, Vol.11, p.591465
2020
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Soil Bacterial and Fungal Richness Forecast Patterns of Early Pine Litter Decomposition
Frontiers in microbiology, 2020-11, Vol.11, p.542220-542220
2020
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