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Systematic characterization of protein folding pathways using diffusion maps: application to Trp-cage miniprotein
The Journal of chemical physics, 2015-02, Vol.142 (8), p.085101-085101
2015
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Dissipative particle dynamics simulations of polymer-protected nanoparticle self-assembly
The Journal of chemical physics, 2011-11, Vol.135 (18), p.184903-184903-10
2011
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Diffusion maps, clustering and fuzzy Markov modeling in peptide folding transitions
The Journal of chemical physics, 2014-09, Vol.141 (11), p.114102-114102
2014
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A comparison of implicit- and explicit-solvent simulations of self-assembly in block copolymer and solute systems
The Journal of chemical physics, 2011-04, Vol.134 (16), p.164902-164902-13
2011
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Coarse molecular dynamics of a peptide fragment: Free energy, kinetics, and long-time dynamics computations
The Journal of chemical physics, 2003-06, Vol.118 (23), p.10762-10773
2003
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Gyration-radius dynamics in structural transitions of atomic clusters
The Journal of chemical physics, 2007-03, Vol.126 (12), p.124102-124102-17
2007
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Integrating diffusion maps with umbrella sampling: Application to alanine dipeptide
The Journal of chemical physics, 2011-04, Vol.134 (13), p.135103-135103-15
2011
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Nonlinear intrinsic variables and state reconstruction in multiscale simulations
The Journal of chemical physics, 2013-11, Vol.139 (18), p.184109-184109
2013
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A constrained approach to multiscale stochastic simulation of chemically reacting systems
The Journal of chemical physics, 2011-09, Vol.135 (9), p.094102-094102-12
2011
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Gene regulatory networks: a coarse-grained, equation-free approach to multiscale computation
The Journal of chemical physics, 2006-02, Vol.124 (8), p.084106-084106
2006
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Variable-free exploration of stochastic models: a gene regulatory network example
The Journal of chemical physics, 2007-04, Vol.126 (15), p.155103-155103
2007
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Exploration of effective potential landscapes using coarse reverse integration
The Journal of chemical physics, 2009-10, Vol.131 (13), p.134104-134104
2009
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Coarse-grained kinetic computations for rare events: application to micelle formation
The Journal of chemical physics, 2005-01, Vol.122 (4), p.44908-44908
2005
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Spatially distributed stochastic systems: Equation-free and equation-assisted preconditioned computations
The Journal of chemical physics, 2006-11, Vol.125 (20), p.204108-204108
2006
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Coarse-grained computations for a micellar system
The Journal of chemical physics, 2005-01, Vol.122 (4), p.44907-44907
2005
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Coarse molecular-dynamics analysis of an order-to-disorder transformation of a krypton monolayer on graphite
The Journal of chemical physics, 2008-11, Vol.129 (18), p.184106-184106-9
2008
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CO oxidation on thin Pt crystals: Temperature slaving and the derivation of lumped models
The Journal of chemical physics, 2003-02, Vol.118 (7), p.3312-3328
2003
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“Coarse” stability and bifurcation analysis using stochastic simulators: Kinetic Monte Carlo examples
The Journal of chemical physics, 2002-06, Vol.116 (23), p.10083-10091
2002
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Systematic characterization of protein folding pathways using diffusion maps: Application to Trp-cage miniprotein
The Journal of chemical physics, 2015-02, Vol.142 (8)
2015
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Coarse bifurcation analysis of kinetic Monte Carlo simulations: A lattice-gas model with lateral interactions
The Journal of chemical physics, 2002-11, Vol.117 (18), p.8229-8240
2002
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Exploration of effective potential landscapes using coarsereverse integration
The Journal of chemical physics, 2009-10, Vol.131 (13), p.134104-134104-15
2009
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Spatially distributed stochastic systems: Equation-freeand equation-assisted preconditioned computations
The Journal of chemical physics, 2006-11, Vol.125 (20), p.204108-204108-8
2006
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Gene regulatory networks: A coarse-grained, equation-free approachto multiscale computation
The Journal of chemical physics, 2006-02, Vol.124 (8), p.084106-084106-17
2006
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Variable-free exploration of stochastic models: A gene regulatorynetwork example
The Journal of chemical physics, 2007-04, Vol.126 (15), p.155103-155103-12
2007
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