Details

Autor(en) / Beteiligte

• 杜宇
• 范小雪
• 蒋海宾
• 王杰
• 范元婵
• 祝智威
• 周丁丁
• 万洁琦
• 卢家轩
• XIONG CuiLing
• ZHENG YanZhen
• CHEN DaFu
• GUO Rui

Titel

微小RNA及其介导的竞争性内源RNA调控网络在意大利蜜蜂工蜂中肠发育过程中的潜在作用

Ist Teil von

• 中国农业科学, 2020-06, Vol.53 (12), p.2512-2526

Ort / Verlag

福建农林大学动物科学学院(蜂学学院),福州,350002

Erscheinungsjahr

2020

Quelle

EZB Electronic Journals Library

Beschreibungen/Notizen

• [目的]微小RNA(microRNA,miRNA)能够通过靶向结合导致mRNA的抑制或降解,从而对基因表达进行负调控.MiRNA在昆虫的生长、发育、免疫和细胞生命活动调控方面扮演关键角色.本研究旨在对意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠的差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmiRNA)及其调控网络进行深入分析,并结合前期在mRNA、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和环状RNA(circular RNA,circRNA)组学层面的相关研究结果,系统解析中肠发育过程的miRNA差异表达谱及竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络介导的中肠发育机理.[方法]利用small RNA-seq技术对正常的意蜂7日龄和10日龄工蜂中肠(Am7和Am10)进行测序.将质控后的测序数据比对西方蜜蜂基因组,再将比对上的序列标签(tags)比对到miRBase数据库以鉴定已知miRNA.利用每百万标签序列(tags per million,TPM)算法对miRNA表达量进行计算和归一化处理.根据|log2 fold change|≥1且P≤0.05的标准筛选得到显著性DEmiRNA;利用相关软件进行靶mRNA的预测及GO和KEGG数据库注释.根据靶向结合关系及前期研究结果,利用Cytoscape软件对AMPK、PI3K-Akt、Wnt、cAMP、Hippo、mTOR、Toll/Imd、TGF-beta和MAPK 9条信号通路相关的DElncRNA/DEcircRNA-DEmiRNA-DEmRNA网络进行可视化;构建以miR-342-y为核心的ceRNA调控网络,进一步对网络中的靶mRNA进行代谢通路注释.利用茎环实时荧光定量PCR(Stem-loop RT-qPCR)验证测序数据及miRNA差异表达的可靠性.[结果]Am7 vs Am10比较组中共有112个显著性DEmiRNA,包括38个显著上调miRNA和74个显著下调miRNA,分别靶向结合7434和9559个mRNA,它们可注释到生物学进程相关的21和23个功能条目,细胞组分相关的16和17个功能条目,以及分子功能相关的10和11个功能条目;此外还能注释到果糖和甘露糖代谢、嘌呤代谢、甘氨酸、丝氨酸和