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An optimized microarray platform for assaying genomic variation in Plasmodium falciparum field populations
Ist Teil von
Genome biology, 2011-01, Vol.12 (4), p.R35-R35
Ort / Verlag
England: BioMed Central Ltd
Erscheinungsjahr
2011
Quelle
MEDLINE
Beschreibungen/Notizen
We present an optimized probe design for copy number variation (CNV) and SNP genotyping in the Plasmodium falciparum genome. We demonstrate that variable length and isothermal probes are superior to static length probes. We show that sample preparation and hybridization conditions mitigate the effects of host DNA contamination in field samples. The microarray and workflow presented can be used to identify CNVs and SNPs with 95% accuracy in a single hybridization, in field samples containing up to 92% human DNA contamination.