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2-Aminopurine Fluorescence: Discrimination Between Specific and Unspecific Ligand Binding to the Kissing-Loop Dimer of the HIV-1 RNA
Ist Teil von
Journal of biomolecular structure & dynamics, 2008-06, Vol.25 (6), p.663-667
Ort / Verlag
England: Taylor & Francis Group
Erscheinungsjahr
2008
Link zum Volltext
Quelle
Taylor & Francis Journals Auto-Holdings Collection
Beschreibungen/Notizen
The fluorescent 2-aminopurine probe (2-AP) incorporated into the loop of 23-mer RNA hairpin of HIV-1 genome dimerization initiation site (DIS) was used for discrimination of specific and unspecific binding of paromomycin and spermine to the kissing loop dimer (KD) formed in solution. While both ligands stabilized the KD RNA structure, only paromomycin binding resulted in significant increase of 2-AP fluorescence. These observations suggest that the 2-AP fluorescent RNA construct might be useful for selecting ligands specifically binding the HIV-1 kissing loop RNA dimer.