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Ecological studies of the tuatara are difficult owing to a range of life history characteristics. In particular, tuatara mature late (13-20 years), have a slow reproductive cycle (4 to 5 years), and a long life span (>100 years). Therefore, we have isolated and characterised six microsatellite loci in Cook Strait Sphenodon punctatus, and have tested these loci for amplification in populations of S. guntheri and northern and Cook Strait S. punctatus.