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La mayor parte de la actividad y mentalidad científicas de don Quijote refleja las de sus contemporáneos, pero es su comportamiento investigativo en la segunda parte de la novela (1615) lo que le distingue de la mayoría y lo que le acerca a los grandes artífices de la Revolución Científica como Nicolás Copérnico (1473–1543), Johannes Kepler (1571–1630) y Galileo Galilei (1564–1642). Cuando nuestro caballero andante explora la Cueva de Montesinos y “vuela” por el cosmos con Sancho en un caballo de madera, por ejemplo, pone en práctica hipótesis que se pueden comprobar y reemplaza creencias demostrablemente falsas por unas arraigadas en la observación. Además, don Quijote encarna lo esencial de un investigador escéptico, aplicando conceptos como la navaja de Occam y el método científico tal como vienen definidos por científicos del siglo XX como Carl Sagan. Para entender las etapas de esta evolución científica del héroe, deberíamos tomar como base la teoría de José Manuel Lucía Megías de que la novela es realmente tres proyectos distintos: el primero contiene los capítulos 1 a 6 del Quijote de 1605 y se define por su parodia patente de los libros de caballerías; el segundo consiste en el resto del libro de 1605 donde don Quijote se demuestra como un científico en la tradición aristotélica, con la notable excepción del episodio de los batanes (1.20); y en el tercer proyecto, todo el Quijote de 1615, el Caballero de la Triste Figura personifica la transición científica que se experimentaba en la Europa occidental al comienzo del siglo XVII, convirtiéndose de caballero andante a científico, o mejor dicho (como veremos en seguida) filósofo natural, andante. Ha habido estudios críticos de varios episodios aislados que se han enfocado en las ciencias o la tecnología, notablemente del encuentro con Dulcinea (2.10), de la Cueva de Montesinos (2.22–24), del barco encantado (2.29) y de Clavileño (2.41), pero ninguno profundiza en el desarrollo científico del protagonista. Finalmente, se ha escudriñado extensamente el último capítulo de la novela, pero hasta hoy, nadie ha examinado la renuncia de los libros de caballerías por parte de don Quijote como el acto definitivo de un científico. No sólo representa un desplazamiento de su dependencia de las autoridades escritas a una aceptación incondicional de la superioridad del método científico (i.e., la capacidad de poner a prueba hipótesis), sino que también es el acto final de un científico humilde que reconoce sus propios errores y, en el espíritu comunitario de las ciencias, quiere que la sociedad cambie de rumbo.