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Essential dynamics: foundation and applications
Wiley interdisciplinary reviews. Computational molecular science, 2012-09, Vol.2 (5), p.762-770
Daidone, Isabella
Amadei, Andrea
2012
Volltextzugriff (PDF)
Details
Autor(en) / Beteiligte
Daidone, Isabella
Amadei, Andrea
Titel
Essential dynamics: foundation and applications
Ist Teil von
Wiley interdisciplinary reviews. Computational molecular science, 2012-09, Vol.2 (5), p.762-770
Ort / Verlag
Hoboken, USA: John Wiley & Sons, Inc
Erscheinungsjahr
2012
Quelle
Wiley-Blackwell Journals
Beschreibungen/Notizen
Collective coordinates, as obtained by a principal component analysis of atomic fluctuations, are commonly used to predict a low‐dimensional subspace in which essential protein motion is expected to take place. The definition of such an essential subspace allows to characterize protein functional, and folding, motion, to provide insight into the (free) energy landscape, and to enhance conformational sampling in molecular dynamics simulations. Here, we provide an overview on the topic, giving particular attention to some methodological aspects, such as the problem of convergence, and mentioning possible new developments. © 2012 John Wiley & Sons, Ltd. This article is categorized under: Molecular and Statistical Mechanics > Molecular Dynamics and Monte-Carlo Methods
Sprache
Englisch
Identifikatoren
ISSN: 1759-0876
eISSN: 1759-0884
DOI: 10.1002/wcms.1099
Titel-ID: cdi_proquest_journals_2007425170
Format
–
Schlagworte
Computer simulation
,
Dynamics
,
Mechanics
,
Molecular dynamics
,
Monte Carlo simulation
,
Principal components analysis
,
Protein folding
,
Proteins
,
Statistical mechanics
,
Variation
Weiterführende Literatur
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