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Validación de un método seguro y sencillo para la elaboración de secuencias consenso del virus de la inmunodeficiencia humana a partir de los datos de secuenciación masiva 454
Ist Teil von
Enfermedades infecciosas y microbiología clínica, 2018-02, Vol.36 (2), p.91-94
Ort / Verlag
Elsevier España, S.L.U
Erscheinungsjahr
2018
Link zum Volltext
Quelle
EZB Electronic Journals Library
Beschreibungen/Notizen
Resumen Objetivo Generar una secuencia consenso a partir de los datos de secuenciación masiva obtenidos en estudios de resistencias a antiretrovirales, que sea representativa de la secuencia Sanger y que sirva para estudios de epidemiología molecular. Material y métodos En 62 pacientes se obtuvo la secuencia de transcriptasa reversa-proteasa, mediante Sanger (Trugene-Siemens), y NGS (454GSJunior-Roche). Las secuencias consenso NGS se generaron con Mesquite, seleccionando umbrales 10%, 15% y 20%. Para el estudio filogenético se empleó MEGA. Resultados Utilizando el umbral 10%, 17/62 pacientes presentaron secuencias pareadas NGS-Sanger, con una mediana de bootstrap del 88% (IQR 83,5-95,5). La asociación aumenta a 36/62 pacientes y el bootstrap , a 94% (IQR 85,5-98), y alcanza el máximo al 20% en 61/62 pacientes, bootstrap 99% (IQR 98-100). Conclusión Mostramos un método seguro para generar secuencias consenso NGS para su uso en estudios de epidemiología molecular procesadas con umbral 20%, de fácil uso y aplicación en los servicios de microbiología clínica.